소수의 집행부가 7만여명의 목소리를 대변하는 구조에 대한 지적도 있다. 초기업노조는 설립 후 3년이 다되도록 대의원 선거를 단 한 차례도 실시하지 않은 것으로 알려졌다. 대의원회가 부재한 상황에서, 현재 노조의 모든 의결 권한은 위원장과 부위원장, 사무국장 등 5명으로 구성된 운영위원회에 집중돼 있다. 업계 관계자는 “대의원회라는 견제·감시 장치가 부재한 상황에서 운영 투명성을 요구하는 조합원들의 이탈이 가속화하고 있다”고 말했다.

집행부의 직책수당도 도마 위에 올랐다. 초기업노조는 올해 3월 총회에서 쟁의 찬반투표에 월 조합비의 5 %를 집행부 직책수당으로 편성하는 규정 개정안을 포함시켜 투표를 진행했다. 이에 쟁의 찬반과 별개 사안인 수당 규정을 포함해 ‘묻어가기 식’으로 가결시킨 것 아니냐는 지적이 나오고 있다.

규정 개정안에 따르면 권리조합원 약 7만명에 월 조합비 1만원을 적용한 월 조합비 총액 약 7억원의 5%인 3500만원이 집행부의 직책수당으로 할당된다. 현재 임원 5명(회계감사 포함 시 6명) 기준으로 환산하면 1인당 평균 월 580만~700만원이 돌아가는 셈이다. 위원장과 부위원장 등 핵심 집행부는 근로시간 면제를 적용받아 회사 급여와 조합비 직책수당을 동시에 수령하고 있다. 일부 조합원들은 이에 대해 사내외 게시판을 통해 “회사에서 월급 받아가면서 조합비에서 또 수당을 챙기는 것은 과도하다”고 불만을 표하고 있다.