마지막으로 '검은 수녀들'은 개봉을 앞두고 '여혐 논란'에 휩싸이기도 했다. 일반 시사회를 통해 먼저 영화를 관람한 관객들이 "작품 안에 여성의 신체를 비하하는 장면과 대사가 나온다"며 이를 두고 '여성 혐오' 의혹을 제기했다. 이에 오효진 영화사 집 제작이사는 "악마의 잉태는 고전 오컬트부터 있어왔던 설정이고, 검은 수녀들은 여성이 악마를 품는다는 것에서 나아가 이를 전복시키는 이야기를 하고자 했다"며 "악마가 여성의 몸과 병을 빗대어 공격하는 것은, 실제 유니아가 자신의 성별로 겪는 한계와 억압을 상징적으로 표현하는 방식이었다. 그런데 이 공격을 당하는 수녀가 결국 이를 자신의 방식으로 악마를 무너뜨리는 구조이고, 기존의 구도를 전복하는 이야기에 가깝다"고 밝혔다.

권혁재 감독 역시 "이 같은 의도에 동의했고 그것들을 구현하기 위해 함께 노력했다"며 "구마 과정에서는 특정 신체를 부각하려는 의도는 없었고 유니아를 악랄하게 공격하려는 악마성을 부각하고자 했다. 그런 비열한 악마를 유니아가 자신의 방식으로 무너뜨리는 결말을 잘 표현하고자 했다"고 논란에 선을 그었다.

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