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안중근 의사가 아버지를 따라서 젊은 시절 동학 토벌에 적극적으로 가담한 사실이 있었는데, 지금 기준에서는 일종의 흑역사라고 볼 수도 있지만 당시 안중근 같은 양반 계층에서 보기에 신분 질서를 거스르고 항명하는 행위는 금기시 되었다.

즉 안중근 의사처럼 동학을 적대시하는 것은 당시 기득권층으로서는 너무나 당연한 일이었다.

또 그만이 아니라 딱히 군기가 정비되지 않을 수밖에 없는 농민 반란의 특성상 관군과 싸우기만 하는 게 아니라 그간의 억눌림이 분노로 분출되며 그냥 양반이면 다 습격하고 재물을 뺏거나 양반집 여인을 겁탈하거나 외국인 상인을 공격하는 일들도 적지 않았다.

원래 의의와 벗어난 행위지만 아는 양반집들이 약탈되며 나라를 뒤엎는다고 하는 것을 보면 부정적으로 인식할 수는 있을 것이다.

원래 이기면 혁명이 되고 지면 폭동이 된다.
또 같은 지역에서 같은 시기에 동학 지역 지도자로 활동했던 김구 선생의 백범일지에 따르면 산적패가 동학군 이름을 사칭하고 약탈을 한 일도 많았으며 안중근 의사 집안이 토벌한 동학군은 대부분 이런 사이비 동학군이었다 한다.

다만 안중근의 자서전을 보면 안중근은 동학을 일진회와 동급의 매국 도적 집단으로 알고 있었다. 사실 일진회가 동학의 분파로 시작하기도 했다.