공소청법 합의안은 기존 정부안에 있던 '검사의 특별사법경찰관에 대한 지휘 감독권'을 삭제했다. 또 대공소청·고등공소청·지방공소청 3단 구조 명칭을 '공소청·광역공소청·지방공소청'으로 수정했다.

제4조의 검사 직무 중 '영장 청구·집행 지휘'는 '영장 청구에 관하여 필요한 사항'으로 수정해 지휘권을 삭제했다. 또 검사의 직무 규정을 법령이 아닌 법률을 따르도록 수정하면서 시행령을 통해 검사 직무 범위를 확대할 가능성도 차단했다.

아울러 공소청법 제36조 검사의 직무관할 조항 중 '검사의 직무수행에 필요한 경우 관할 구역이 아닌 곳에서 직무를 수행할 수 있다' 부분은 삭제했다. 제54조의 '공소청에 일반직 공무원을 둔다'는 조항에는 '공소청 직원의 구체적 사무는 대통령령으로 정한다'는 부분을 추가했다.

검사 사무에 관한 지휘 감독 조항의 경우 '소속 상급자의 감독을 받는다'는 부분을 '법률에 따라 감독을 받는다'로 수정했다.