법안에 따르면 검찰청은 폐지되고, 수사권은 중대범죄수사청(중수청)에, 기소권은 공소청에 부여된다. 기소를 전담하는 공소청은 법무부 산하 기관으로 신설한다.
새로 만들어지는 중수청에는 당초 검찰이 갖고 있던 7대 중대범죄(부패·경제·공직자·선거·방위사업·대형참사·마약) 수사권에 더해 내란·외환죄까지 수사할 수 있도록 했다. 중수청 조직에 검사는 두지 않고 모두 수사관이라는 통일된 직책으로 구성한다. 검사가 없는 만큼 영장청구권도 없다.
영장청구권은 공소청 검사가 갖는다. 공소청 검사는 기본적으로 기소와 공소유지를 전담하면서 각 수사기관이 신청한 영장을 청구하는 역할도 맡는다.
국가수사위원회는 국무총리 직속으로 둬 수사기관인 중수청과 경찰 국가수사본부, 공수처의 업무 조정 및 관할권 정리, 관리·감독 등 업무를 담당한다. 불기소 처분에 대한 이의 신청도 처리한다.
이에 검찰 안팎에서는 우려 섞인 목소리가 나오고 있다. 신설되는 국가수사위원회가 수사기관 및 관계기관에 대해 자료제출 요구를 할 수 있는 등 역할이 비대하고, 공소청 설치 등 다른 법안도 위헌 소지가 있단 취지다.
광주지검 순천지청장을 지낸 김종민 변호사는 "공소청은 일체의 수사를 할 수 없고 '공소의 제기 및 유지'와 '영장청구에 관해 필요한 사항'을 권한으로 한다고 규정한다"며 "그런데 '불기소의 적정성'을 심의하는 공소심의 위원회를 둔다고 규정하는데 앞뒤가 안 맞는 소리"라고 지적했다.
박철완 광주고검 검사는 검찰 내부망 이프로스에 "일별해 보아도 법 체계상 납득되지 않은 것도 많고, 현실성도 없어 보이는 조항들"이라며 "설사 입법이 되더라도 현실에서 규범력을 갖출 수 있을지 의문이 든다"고 했다.
이재명 정부의 강력한 검찰개혁 드라이브로 검찰 내부에서는 상황을 관망할 수밖에 없단 의견도 나온다.
한 지청 검사는 "검찰 조직이 없어지면 수사 조직으로 가는 것이 어려울 수 있다"며 "중수청도 제도가 어떻게 정착될지 알 수 없다. 공수처도 검사를 퇴직하고 기간이 필요해 바로 갈 수가 없다"고 토로했다.
법무부 소속 한 검사는 "이제 공소관이라 불러 달라"며 "우리가 할 수 있는 게 없다. (검찰청 폐지 등은) 기정사실"이라고 전했다.
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