법원은 "고위공직자 등의 범죄를 독립된 위치에서 수사하도록 수사처를 설치한 공수처법의 입법취지, 수사의 공정성을 담보하기 위한 목적으로 수사와 기소를 분리하고 이를 수사처와 검찰청 사이에도 적용시키는 공수처법 제26조의 규정취지, 검찰청 소속 검사의 보완수사권 유무나 범위에 관하여 공수처법에 명시적인 규정이 없는 점 등에 비추어 봤다"고 설명했다.
특수본은 법원의 불허사유에 대해 “고위공직자범죄수사처 검사가 고위공직자범죄에 해당하는 사건을 수사한 다음 공소제기요구서를 붙여 그 서류와 증거물을 검찰청 검사에게 송부한 사건에서, 이를 송부받아 공소제기 여부를 판단하는 검찰청 검사가 수사를 계속할 상당한 이유가 있다고 보기 어렵다”라고 밝혔다. 공수처가 수사한 사건을 검찰이 추가 수사할 이유가 없으며, 검사는 공수처에서 송부받은 사건은 바로 공소를 제기해야 한다는 판단이다.