이번 이의신청에서 윤 대통령 쪽은 △영장을 청구한 공수처에는 ‘내란죄’ 수사권이 없고 △영장을 발부한 서울서부지법에는 관할권이 없다고 주장했다. 아울러 “대통령은 국군통수권자로서 그 자체로 군사상 비밀”이라며 영장에 “형사소송법 110·111조의 적용을 받지 않는다”고 기재된 것이 위법이자 위헌이라고도 주장했다.
법원은 결정문에서 윤 대통령 쪽의 세가지 이의신청 사유를 모두 기각했다. 법원은 “이 사건 영장에는 내란죄뿐만 아니라 직권남용권리행사방해죄 혐의사실이 포함된 것으로 보이고, 이는 공수처법에 포함된 범죄다. 그것과 관련이 있는 내란죄를 혐의사실에 포함시켰다고 하여 위법이라 할 수 없다”고 적었다. 윤 대통령 쪽이 꾸준히 문제 삼아온 공수처의 내란사태 수사권을 인정한 것이다. 법원은 “대통령실 및 대통령 관저의 소재지 관할 법원인 서울서부지법에 영장을 청구했다고 하여 위법이라 할 수 없다”고도 했다.
대통령경호처의 방어논리였던 ‘형사소송법 110·111조’ 역시 체포를 위한 수색영장에는 적용되지 않는다는 점도 법원은 분명히 했다. 법원은 “형사소송법 110조의 ‘군사상 비밀’은 (장소적 제한이 아니라) ‘대상’에 대한 제한으로 해석한다”며 “피고인의 발견을 목적으로 하는 수색의 경우 110조는 적용되지 않는다고 봄이 타당하다”고 밝혔다.
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