그러나 검찰은 CJ ENM 등 방송 관계자들은 제작진들의 투표 조작을 알지 못한 채 프로그램에서 탄생한 아이돌 그룹의 계약과 활동 관리를 해왔다고 결론냈다.
공소장에서 검찰은 시즌2와 시즌3 조작과 관련해 "최종 생방송에서 피고인들이 사전에 정해놓은 연습생들의 순위와 득표 비율에 따라 조작된 투표결과를 이 사실을 모르는 방송관계자들에게 건네주어 같은 날 위 조작된 투표결과를 방송에 내보내게 하고, 역시 조작된 투표결과를 모르는 CJ ENM 음악사업부 관계자들로 하여금 전속 계약체결 및 활동관리를 하게 했다"고 말했다.
한발 더 나아가 CJ ENM을 피고인들의 업무방해 피해자로 적시했다. 검찰은 "피고인들은 공모해 위계로 피해자 CJ ENM의 아이돌 그룹 선발 및 데뷔, 육성에 관한 업무를 방해했다"고 설명했다.
법조계에서는 CJ ENM이 '프로듀스 101' 시리즈 투표 조작에 개입했다는 의혹을 벗고 오히려 기소된 김 CP와 안 PD 등에게 손해배상 책임을 물을 수 있다는 분석이 나온다. 투표 조작의 피해자인만큼 앞으로 문자투표에 대한 시청자들의 손해배상소송 등을 거꾸로 CJ ENM이 기소된 피의자들에게 물어 구상권을 청구할 수 있을 것으로 지적된다.