김학의 전 법무부 차관 긴급 출국금지 사건에서 김 후보자가 무리한 기소에 관여했다는 의혹에는 사실과 다르다고 선을 그었다. 김 차관은 "기소된 4명 중 3명은 후보자가 대검 형사부장으로 부임하기 전에 이미 기소가 이루어졌다"며 "나머지 1명에 대해서도 내부 회의에서 기소에 반대하는 의견을 밝혔고, 기소의 최종 결정권자도 아니었음을 확인했다"고 설명했다.

정진웅 검사의 독직폭행 사건 기소를 둘러싼 지적에도 김 후보자가 반대 의견을 냈다고 강조했다. 김 차관은 "후보자가 부임했을 때에는 이미 수사가 진행 중이었다"며 "후보자는 참모 입장에서 기소에 반대하는 의견을 분명히 밝혔으며 기소의 최종 결정권자도 아니었다"고 강조했다.