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조원우가 재활을 하는 동안 쌍방울은 재정난 끝에 해체되어 그 선수단을 이어받아 SK 와이번스가 창단되어 SK의 창단멤버가 되었다. SK 유니폼을 입은 첫 해인 2000년 부상에서 복귀하여 주전 외야수로 나왔으나 이전의 모습을 보여주지 못했다.

SK 와이번스로 인계되어 첫 시즌을 마친 2000년에 공인회계사인 황미화 씨와 결혼했다.

2003년부터 타격감을 다시 되찾기 시작하였고 그해 SK가 한국시리즈에 진출하면서 프로 데뷔 첫 한국시리즈 무대를 밟게 되나, 팀은 준우승에 그쳤다.



심지어 창단멤버에 첫코시까지 함께했었엌ㅋ