종소세 사업+근로 있는 사람인데 근로소득 연말정산할때 신용카드 안넣고 그냥 마감하고 신카사용분은 사업자 코드에서 바로 비용저리 해줬거든?

그런데 똑같이 사업+근로인 상황인데 근로소득에  신카반영해서 연말정산 해오신분은 신용카드 사용분을 소득공제신고서에 입력하고, 

신고대리로 부가세만 신고해서 카드비용 500이 반영되어있는데

사업용카드로 비용 처리한 500만원은 그대로 놔두면 이거 비용이 이중으로 공제 되는걸까??