세상은 종말을 맞이했다. 빛과 어둠은 같이 멸망했으며, 세상에서 소울이 고갈되어갔다.

모든 생명이 죽어가는 중, 아르고노트호에서 노아가 사라졌다.

노아는 방주의 사명을 떠올리고, 모든 생물을 자신 속에 거두어 보존하려고 했다.

네모는 크루들을 잠수함에서 내리게 하고, 혼자 아르고노트호에 남는다. 이름 없는 남자의 마지막 싸움이 시작됐다.

세상의 사람들이 최대의 위협으로 변한 노아에게 싸움을 거는 중에, 아르고노트호만큼은 노아를 지키기 위해서 계속 싸워나갔다.

네모는 사람들에게 원망의 소리를 들으면서도 수라장을 정복해갔다.

결국 아르고노트호의 마지막 시간이 닥쳐온다.

네모는 자폭하는 아르고노트호에서 탈출해, 아르고노트2호와 함께 노아의 곁으로 향한다.

노아는 하늘의 저편으로 여행을 떠나기 위해, 모습을 바꾸려고 하고 있었다.

하지만, 노아와 방주를 노리는, 멸망했을 터인 어둠의 생존자가 덮쳐왔다.

네모와 아르고노트2호는 마지막 힘을 쥐어짜내 남은 어둠을 멸망시킨다.

격렬한 전투의 말로로 아르고노트2호는 파괴되고 만다.

또한 네모도 치명상을 입고 쓰러진다.

죽어가는 네모의 앞에 나타난 노아는 네모의 손을 잡고 방주 속으로 사라져갔다.

수십억 년의 시간이 흘러 다시 빛과 어둠이 생겨났을 무렵, 방주도 다시 눈을 떴다.

방주는 퇴폐화된 대지에 생명의 싹을 내리고 이윽고 역할을 다하여 소멸한다.

푸른 바다의 소녀도, 이름 없는 남자도, 이젠 존재하지 않는다. 하지만 그들이 남긴 생명은 계속되어 간다.

―언제까지나.