하지만 부작용도 만만치 않다는 지적이 나온다. 금융위가 허용한 국내주식 소수점 거래는 증권사와 예탁원간 신탁 계약을 먼저 체결하고 고객이 소수점 단위로 주문을 하면 증권사가 온주 단위로 거래소에서 매매를 하고 투자자에게 수익증권을 발행하는 방식이다. 예탁원의 계좌부에 등록하고, 증권사의 원장과 수익자명부에 기재를 해야 모든 거래 과정이 마무리 된다. 증권사의 ‘주문취합’이 선행돼야 하는 만큼 실시간 거래가 어려운데다, 복잡한 거래 과정에 따른 거래 시차는 커 투자자가 주문한 가격과 실제 거래된 가격이 달라지는 상황이 발생할 수 있다. 이 때문에 주식 소수점 거래를 허용한 미국 증권거래위원회(SEC)에서도 원하는 가격과 시점에 주식을 사고팔 수 있는 유동성이 보장이 안되는 점을 위험 요소라고 투자자들에게 고시한 바 있다.

이에 따라 소수점 거래를 활용해 분산된 포트폴리오에 투자하는 수요가 예상보다 적을 수 있다는 우려가 나온다. 김민기 자본시장연구원은 "개인투자자가 여러 종목에 투자를 할 경우, 다수의 투자 종목을 관리하고 리밸런싱하는 비용이 포트폴리오 투자에 따른 효용보다 클 수 있어, 오히려 원하는 포트폴리오에 투자하는 펀드나 ETF와 같은 대체재를 활용하는 게 효과적일 수 있다"고 지적했다.