정부가 수도권 소재 중소기업 직장인의 근로소득세 감면 혜택을 줄이는 방안을 검토하고 있다. 중소기업 취업자 소득세 감면 제도에 지역별 차등 구조를 도입해 지방 소재 중소기업 근로자에게는 세제 혜택을 더 주되, 수도권 근로자에 대한 감면은 축소하는 방식이다. 지방소멸 대응을 위한 '지방 우대'와 근로소득세 감소를 막기 위한 '세수 방어' 사이에서 정부가 제도 재설계에 나선 것으로 풀이된다.

5일 정부 등에 따르면 재정경제부는 이달 말 내놓을 2026년 세제개편안에 이 같은 방안을 포함하는 것을 검토하고 있다.

정부는 지방 기업 근로자 대상 조세지출, 즉 세금 감면 제도를 두 갈래로 재편하는 방안을 들여다보고 있다.

핵심은 △중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 차등화 △통합고용·투자세액공제상 지방 기업 법인세 감면 확대다. 서남권 대규모 투자 등 5극3특 정책에 힘을 싣기 위한 조세정책으로도 해석된다.

현재 중소기업 취업자 소득세 감면 제도는 청년과 취약계층의 중소기업 취업을 유도하기 위한 대표 조세지출이다. 청년은 계약일 기준 만 15~34세를 대상으로 취업 후 5년간 근로소득세의 90%를 감면받는다. 연간 감면 한도는 200만원이다.
 

재경부는 이 제도에 기업 소재지별 차등구조를 넣는 방안을 검토하고 있다. 지방 소재 중소기업 근로자의 감면 기간과 한도를 확대하는 대신 수도권 소재 중소기업 근로자의 혜택은 줄이는 방식이다. 올해 12월 31일 중소기업 취업자 소득세 감면 제도의 일몰이 도래하는 만큼 제도 연장과 구조 개편을 함께 추진할 가능성이 크다. 실제 최근 구윤철 부총리 겸 재경부 장관은 "서울에서 멀리 떨어지고 좀 어려운 지역일수록 혜택을 주고, 그 혜택을 기업이 아닌 근로자에게 주겠다는 것이 포인트"라고 말한 바 있다.

수도권 감면 축소가 검토되는 배경에는 세수 부담이 있다. 국회예산정책처에 따르면 중소기업 취업자 소득세 감면 규모는 지난해 잠정 1조1638억원으로 전년 1조1384억원보다 254억원, 2.2% 늘었다. 전체 조세지출 상위 20개 항목 중 18위에 해당하는 규모다.

정부는 지방 소재 중소기업의 법인세 감면 확대도 함께 검토하고 있다. 통합고용·투자세액공제와 연구·인력개발비세액공제에서 지방 우대 한도를 강화하는 방향이다.

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