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하지만 한국 정부는 소극적인 대응에 그치고 있어 문제로 지적된다. 과학기술정보통신부와 외교부는 "한일 외교 관계와 별개의 사안"이라며 "네이버의 입장과 판단을 존중한다"는 취지로 네이버에 책임이 있다며 본질을 흐리는 모습을 보였다.

주무부처인 과기정통부는 적극적인 대응을 안하고 있다는 지적엔 "외교부를 비롯한 관계부처와 긴밀한 협의중"이라며 책임소재를 외교부에 돌리기도 했다. 

이종호 과기정통부 장관은 5월 8일 열린 2주년 기자간담회에서 네이버 라인 사태에 대해 "네이버의 의사결정을 최대한 보장하고자 긴밀히 협의하고 있다"면서 "우리 기업이 해외 사업과 투자에서 부당한 대우를 받지 않도록 하는데 최우선 가치를 두고 대응할 예정이다"라고 말했다.

그러면서 그는 실제로 일본 정부와 소통을 어떻게 하고 있는지를 묻는 질문에는 답을 회피했다. 이 장관은 "국가간 이해에 기업체가 껴 있어 정부가 나서야할 자리를 판단해야 할 상황이다"라고도 했다. 

실질적인 대응에 나서야할 외교부는 일본 정부에 강력한 항의를 하는 등 대응은 않고, 일본 눈치만 살피는 모습이다. 심지어 외교부는 일본 총무성을 도와 한국에 일본 정부의 입장을 전달하는 내용으로 서울의 한 언론사 인터뷰 섭외를 연결한 것으로 알려져 일본 정부에 굴종하고 있는 것 아니냐는 의심을 샀다.