상한액 초과 시 납부하는 야구발전기금액도 완화됐다. 1회 초과 시 기존 초과분의 50%에서 30%로, 2회 연속 초과 시 100%에서 50%로 낮아졌다. 2회 연속 초과 시 부과되던 다음연도 1라운드 지명권 9단계 하락 제재는 폐지됐다. 3회 연속 초과 시에만 초과분의 100% 납부와 지명권 9단계 하락이 유지된다.

대신 2027년부터 하한액 60억 6538만원을 신설해 키움 등 일부 구단의 소극적 운영에 족쇄를 채웠다. 하한액은 최근 2년간 구단별 보수 총액 상위 40명의 최하위 구단 평균을 기준으로 설정됐다. 매년 5%씩 상향 조정된다. 하한액 미달 시에는 1회 미달 시 미달분의 30%, 2회 연속 미달 시 50%, 3회 연속 미달 시 100%를 유소년 발전기금으로 납부해야 한다.

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