기존 운영 1, 2팀 체제는 리그운영팀, 운영기획팀, 전력강화팀 등 3개 팀으로 확대 개편됐다. 리그운영팀(팀장 한인국)은 KBO 리그와 퓨처스리그 운영을 총괄하며, 특히 도입 2년 차를 맞는 자동볼-스트라이크 판정시스템(ABS) 안정화에 주력할 예정이다. 또한 해외 리그 및 기관과의 교류, 국가대표팀 운영도 담당한다.
운영기획팀(팀장 황현태)은 KBO 리그 제도 개선을 위한 규약·규정 검토를 맡는다. 2025시즌부터 정식 도입되는 피치클락의 성공적인 안착이 주요 과제다. 전력강화팀(팀장 김강석)은 KBO 리그와 국가대표팀의 경쟁력 향상을 위한 장기 프로젝트를 추진한다.
신설된 정책지원팀(팀장 장한주)은 클린베이스볼 업무 강화와 부산 기장 야구박물관·명예의전당 건립 지원을 담당한다.
한편 KBOP는 사업본부를 신설하고 김남우 전 KBO 재무팀장을 사업본부장으로 임명했다. KBO 재무팀장은 한아름 팀장이 새로 맡게 됐다.