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우선 시작하고 나면 지금까지의 에반게리온이라고 하면서 신극장판 서, 파, Q의 내용을 주요 장면 위주로 편집해서 쭉 보여 준다.[1] 이후 파리에서 오염된 세계를 정화하기 위해 작업준비중인 AAA 분더의 모습이 등장하는데 제한시간 안에 작업을 마치지 못하면 늦어버린다며 작업중인 이부키 마야와 작업원들의 모습을 보여준다. 마야는 투덜거리는 인부들에게 징징대지 말라고 "이래서 젊은 남자들이란"이라고 하면서 작업속행 하라고 보챈다. 그리고 그것을 저지하러 네르프에서 온 에바 시리즈[2]를 상대로 시간을 벌기 위해 마리가 에반게리온 8호기[3]에 탑승하여 시간을 벌고, 그 동안 뷜레 인원들은 작업준비를 마친다. 마지막에는 강력한 빔을 발사하는 포격형 타입이 나타나는데, 마리가 에펠탑을 포신에 꽂아 넣어 격파하고 폭발에 휘말려 적 에바 시리즈가 모두 전멸한다. 이와 동시에 정화작업이 마무리되며 지역 일부가 다시 원래대로 돌아오고 제3신도쿄시처럼 건물이 솟아나며 방어벽이 기동된다. 건물 중에는 네르프의 로고가 새겨진 격납고도 있는데, 여기서 에바 2호기와 8호기의 예비파츠와 탄약을 보급하는 장면이 나온다.

한편 안전한 곳을 찾아 헤매던 아스카, 검은 레이, 신지는 정처없이 걷는 와중에 멘붕의 후유증과 체력고갈로 탈진한다. 이를 보고 아스카는 또 애송이 신지라며 한심하게 쳐다본다. 그때 갑자기 지프차 한대가 다가오고 거기서 내린건 아이다 켄스케. 그는 늦어서 미안하다고 하며 신지와 검은 레이, 아스카를 데리고 마을로 들어가는 데 이 곳은 이전 장면에 나온 파리처럼 빌레가 정화한 곳이다. 빌레 산하의 크레딧이라는 단체에서 식자재와 생필품 등을 보급받는 곳으로 일행은 이곳으로 이동한다.

그곳에서 눈을 뜨는 신지, 토우지는 보건소에서 의사로서 일하고 있다. 스즈하라 토우지와 결혼함으로써 스즈하라 히카리가 된 호라키 히카리와 결혼하고 아이[4]도 있다며 토우지는 근황을 설명하고 밥부터 먹자며 집으로 데리고 가는데 그곳에 검은 레이가 있고 같이 된장국을 마시며 허기를 달랜다.[5] 신지는 멘탈이 나간상태여서 구석에 쭈그려서 밥도 안먹고 그냥 침묵 상태. 그때 아이다 켄스케가 오고 신지에게 자신을 알아보겠냐며 반가운 듯 인사한다. 그리고 신지는 자기가 맡는게 좋을것 같다고 하며 자신의 집으로 데리고 간다. 검은 레이는 토우지의 집에 남는다.

켄스케의 집으로 가자 그곳에 시키나미 아스카 랑그레이가 있었고 마침 신지가 왔을 때 목욕을 마치고 나온지라 알몸상태지만 부끄러워하는 기색이 없고 켄스케가 아스카에게 타올을 주면서 아스카는 여기 있었다라고 한다. 시종일관 기가 죽어 무반응이던 신지가 아스카의 목에 걸려있는 DSS 초커를 보자마자 카오루가 죽던 순간을 떠올리며 트라우마가 발동, 구토를 하기 시작하고 이를 한심하게 보는 아스카. 진정되고 나서도 침묵으로 일관하며 구석에 쳐박혀서 신지는 풀이 죽어만 있는 상태다. 그렇게 밤이 되고 잠을 자려는데 신지는 끅끅거리며 울면서 자고 아스카는 이렇게 잠자는 척 연기하는 것도 질렸다고 중얼거린다. 즉, 아스카는 에바의 주박으로 수면 자체를 하지 못하는 상태다.

그렇게 마을에서의 생활이 시작되고 아스카는 켄스케의 집에서 신지를 감시하며 시간날 때마다 휴대용 게임기로 게임하고 신지는 그냥 계속 침묵으로 일관한다. 한편 검은 레이는 마을 사람들에게 일(농사)를 배우고 마을일을 도와주면서 사람의 감정을 배워간다. 이때 말 그대로 갓 태어난 아기같던 레이가 점점 인간으로써 성숙하는 모습이 매우 귀엽게 그려진다. 한편 식사를 일절 하지도 않고 누워만 있는 신지를 보며 머리 끝까지 화가 난 아스카는 여기서 죽어버리게 놔두지는 않을 것이라며 보급 에너지바를 신지 입에 억지로 쑤셔넣어서 먹인다.[6] 화가 난 신지는 집을 나가고 마을을 떠돌다가 구 네르프 기지의 폐허에 도착, 에바 초호기의 격납고가 있던 자리에 주저앉아 웅크린 채 시간을 보낸다. 아스카는 매번 저런 식으로 문제를 회피하니까 놔두면 알아서 회복된다고 매정하게 대한다.

검은 레이는 계속해서 토우지의 집에서 히카리, 츠바메와 함께 지내며 조금씩 감정을 깨우치게 된다. 그러던 어느날 배급받은 식량을 들고 도서관[7]에 들르는데, 쌓여있는 책을 보고는 Q에서 신지와 책을 두고 언쟁을 했던 일을 떠올린다. 그렇게 생각에 잠겨있다가 손에 들고 있던 감자를 떨어뜨리는데, 책을 읽던 아이의 발밑으로 굴러가자 아이가 이를 주워주고 레이는 자연스럽게 고맙다고 인사한다. 그리고 무언가를 떠올렸는지 그날 밤, 겐스케의 집에 찾아가서 아스카에게 신지가 어디에 있는지 묻고[8] 아스카는 이전 네르프 기지의 폐허에 있을 것이라 알려주며 그리고 아야나미 시리즈들은 신지를 좋아하게끔 설계되어 있다고 말해주는데, 레이는 그것 또한 좋다고 대답한다. 그리고 검은 레이는 추가로 아스카에게 어째서 일을 하지 않느냐고 물어보는데 아스카는 '나는 여기서 일하는 쪽이 아니라 이곳을 지키는 쪽이다'라고 대답한다.

이후 레이는 매일 찾아와서 이전에 받은 카세트 테이프를 돌려주기 위해 신지를 찾아온다.[9][10] 하지만 매번 카세트를 내던지며 레이를 제대로 상대해주지 않는 신지. 하지만 별다른 동요없이 레이는 다시 카세트를 주워들고 매일 먹을 것을 두고 조용히 돌아간다. 한편, 아스카도 가끔 몰래 와서 신지의 생사를 확인한다.

이후로도 검은 레이는 신지에게 카세트를 전달하기 위해 매일 신지에게 와서 신지는 어째서 일을 하지 않느냐고 물어보며 신지의 멘탈을 회복시키려 하지만 신지는 다시 카세트를 내팽개치며, 자신때문에 모든게 파괴되었는데 왜 이렇게 모두 친절하게 대해주나며 오열한다. 그러던 중 검은 레이는 신지에게 인간다움을 전달하며 세상 사람들은 신지가 생각하는 것처럼 매정하지 않고 알고보면 상냥하다며 말해준다. 여기서 검은 레이가 건네준 카세트와 보급 에너지바를 받고 신지는 울며 보급 에너지바를 입에 구겨넣는 것으로 멘탈을 회복하고 정상으로 돌아온다.

정상으로 돌아온 신지는 토우지와 마을일도 도와주고 켄스케의 일을 돕는다. 켄스케의 역할은 마을의 유지에 필요한 이곳저곳을 둘러보며 감시하는 것. 농토의 수원지나 인류가 남긴 시설, 안전지대 밖의 에반게리온의 움직임 등을 함께 살피다가 마을 밖의 L결계 안정화 연구를 하는 곳에 찾아가게 된다. 여기서 신지는 빌레 연구원으로써 일하고 있는 카츠라기 미사토와 카지의 아들인 카지 료우지를 만나 인사를 나누고 사진도 함께 찍는다. 신지는 곧바로 미사토의 아들이라는 것을 눈치챘는데, 돌아오는 차에서 겐스케가 말하길 카지 료지 본인은 자신의 부모가 누군지 모르는 상태라고 한다. 카츠라기 미사토는 어머니로써 해줄 수 있는 일이 없기에 영영 보지 않는 대신, 빌레의 사령관으로서 지켜주기만 하기로 마음먹은 것.

한편 마을 사람들과 같이 일을 하며 아야나미 '닮은 것'이라고 불리우던 검은 레이에게 마을 사람들은 계속 이렇게 부를 수도 없는 노릇이니 제대로 된 이름을 붙이라고 권유한다. 그렇게 레이가 찾아와 신지에게 이름을 지어달라고 한다.[11] 검은 레이는 아야나미와는 다른 존재니 어찌해야할지 모르겠다며 금방 답을 주지 못하는 신지. 그리고 그날 밤, 토우지의 집에서 마을 도서관에서 빌려온 책을 보며 쉬던 레이의 플러그 슈트에 이상감지라는 신호가 뜨며 레이가 휘청하더니 쓰러지고 만다. 이는 곧 레이의 육체가 한계가 도달하고 있다는 신호이며, 검은 레이는 자신은 역시 네르프가 아니면 살 수 없다는 것을 인지한다. 그리고 그 때 겐스케의 집에서는 아스카가 '검은 레이는 아직 잘 있느냐'[12]고 묻고 신지는 오늘도 만났고 별일 없어보였다고 대답한다. 하지만 '그럼 됐어'라고 말하면서도 뭔가 석연치않는 표정을 짓는 아스카.

그리고 얼마 뒤 겐스케로부터 AAA 분더가 다음 날 마을로 찾아온다는 연락이 왔다고 아스카에게 알린다. 동시에 그간 마을에서 주변을 관찰하며 얻은 자료들, AAA 분더 승무원 가족들의 편지 등을 전달해달라고 아스카에게 부탁한다. 그리고 다음날, 검은 레이는 아침일찍 토우지의 집에 편지만을 남기고[13] 신지가 낚시를 하는 구 네르프 폐허로 찾아온다. 신지는 레이를 보고 역시 레이는 아야나미 레이밖에 없다며 그 이름으로 하자고 말한다. 검은 레이, 아니 아야나미 레이는 이름을 생각해줘서, 말을 걸어줘서, 지금까지 고마웠다고 말하며 조금씩 뒷걸음질치며 신지와 거리를 벌리는 이상한 모습을 보인다. 그러면서 슈트가 발끝에서부터 몸 위쪽으로 점점 하얗게 변하는데, 목까지 하얗게 변하자 레이는 정신을 잃고 쓰러지고 동시에 신체가 LCL화 한다. 레이의 LCL화를 보고 절규하는 신지지만 이번에는 곧 멘탈을 회복한다.

이내 마을에 도착한 AAA 분더. AAA 분더의 크기에 감탄하며 캠코더에 담는 겐스케. 그러면서 슬쩍 아스카도 함께 찍고, 그런 켄스케에게 아스카는 얼굴을 붉히며 찍지 말라고 투정을 부린다. 하지만 이런 중요한 순간 정도는 남기고 싶다며 계속 찍는 켄스케. 맘대로 하라며 아스카는 얼굴을 붉힌다.[14]신지는 결의를 한 듯한 표정으로 나타나서 아스카에게 자신도 AAA 분더에 타겠다고 말한다. 이때 켄스케가 "여기 남아도 된다"라고 하지만 고맙다고 하며 신지는 거절하며 스즈하라에게 안부를 전해달라고 한다. 마지막으로 신지에게 정말 AAA 분더에 같이 탈 것이냐고 물어보는 아스카, 신지는 확신에 찬 얼굴로 나도 같이 가겠다고 하고 그 순간 아스카는 신지에게 일단 규칙이니까 라고 하며 테이저건을 쏴 버린다.

눈을 뜨는 신지. 그리고 현재 자신의 위치는 분더 내부라는걸 알아차리고 목을 만져보는데 DSS 초커가 없다. 그런 신지에게 '그러니까 에바에 타지 말라고 했는데!'라고 하며 시원하게 뺨 싸다구를 날리는 스즈하라 사쿠라. 신지는 DSS 초커는 더 이상 채워지지 않았으나 다시 격리실로 보내진다. 그리고 아스카는 사쿠라에게 오빠의 편지와 사진을 전달하고 그것을 보고 사쿠라는 흐느낀다. 신지는 폭약이 설치된 에바 파일럿 전용방에 격리 감금되고 아스카도 자신의 방에 들어가는데 이때 아스카가 방을 훑어보면서 설치된 폭약이 늘었다고 하며 우리들의 신뢰도가 더 내려간 것 같다며 투덜거린다. 방은 흡사 고시원같이 좁았는데 그곳에 마리도 있다. 분더에서 마리와 아스카는 둘이 같은 방에서 같이 살고 있는 것이다. 마리에게 방에 가득 쌓인 책 좀 정리하라고 하며 아스카는 핀잔을 주지만 여기 있는 책을 전부 다 죽기 전에 읽는 것이 나의 목표라고 하며 마리는 아스카를 반겨준다.

한편 분더 대원들과 미사토, 리츠코[15]는 네르프 본부에 쳐들어가서 에반게리온 제13호기의 기동을 막기 위하여 출격 준비중이다. 준비가 끝나고 아스카와 마리도 새로운 하얀 플러그 슈트로 갈아입고 출격 전에 마지막으로 아스카는 잠시 들를 곳이 있다고 한다. 그리고 신지의 방, 신지의 뒤에서 눈을 가리며 왕코쨩 다레~다(멍멍아 누구게~)라고 하며 방에 들어온 마리. 이때 마리의 힌트는 옥상, 가슴이 큰 여자 라고 하며 신지는 '그때 그 옥상의 낙하산?' 이라고 하며 마리를 알아채고 마리는 신지의 몸의 냄새를 맡으며 그 때와 냄새가 조금 달라졌다고, 어른의 냄새가 난다고 말한다. 아스카는 신지에게 그 때(에반게리온 Q)에서 내가 너를 왜 패려고 한지 지금은 알겠냐고 물어보자 신지는 그 때 아스카가 나를 패려고 한 이유는 '에바3호기가 침식당했을 때 내가 책임을 지게 될까봐 아스카를 구하든 죽이든 아무 것도 하려하지 않았기 때문' 이라고 대답하고 아스카는 이제야 가키 신지(애송이 신지)를 조금은 벗어난 것 같네 라고 대답한다. 그리고 그 때 도시락 사실 맛있었다고 하며 '그 때의 자신'은 신지를 좋아했었지만 자신이 먼저 어른이 되어버렸다고 하며 씁쓸한 표정을 짓는다. 그리고 마리와 신지의 방에서 나가서 걸어가며 '조금은 편안해졌어?'라고 묻는 마리에게 편안해졌다고 대답하는 아스카.

다시 대원들이 있는 곳으로 장면이 돌아와서 서로서로 팔에 반다나를 감아주는데, 이 반다나는 네르프에서 반란이 일어났을 때 피아를 구분하기 위해 묶었던 것이 유래라고 말한다. 그리고 반다나의 푸른색은 붉은 바다를 푸르게 되돌려 놓자는 의미도 있다고 한다. 그리고 다시 미사토에게 장면이 돌아와 과거(에반게리온: 파의 엔딩)를 회상하는데[16] 리츠코가 함장실에 와서 20분 뒤면 출격준비가 끝난다고 하며 미사토에게 피묻은 반다나 한 장(카지를 뜻함)을 감아주며 "사실은 신지가 돌아와서 마음 속으로는 기쁘지?"라고 물어본다. 미사토는 신지와 자신의 아들이 같이 찍힌 사진을 보며 "나는 항상 강한 사람으로 있어야 한다. 왜냐면 나는 그 아이들에게 해준 게 아무 것도 없고 항상 죄를 짓는 마음으로 살아왔다. 인간은 자신이 지은 죄를 마주할 때 비로소 그 때부터 속죄라는 것이 시작된다. 나 같은 사람은 부모라고 말하기도 부끄러운 사람이다."라고 대답한다. 그리고 이때 에반게리온: 파의 니어 서드 임팩트가 일어나기 직전의 장면(그러니까 에반게리온: 파가 끝나고 난 직후)으로 장면이 전환된다. 카지는 미사토에게 뒤를 잘 부탁한다고 하며 서드 임팩트를 막으러 헬기를 타고 떠나는 모습이 나오는데 그리고 다시 원래대로 장면이 돌아오고 미사토가 "나도 그 때 카지군이랑 같이 남을 생각이었어"라고 하자 리츠코는 "니가 그때 임신한 사실만 몰랐더라면 (카지가) 남겨두고 떠났을 것이다"라고 대답한다.

어쨌거나 이런 저런 얘기가 끝나고 AAA 분더는 발진해 네르프 본부[17]가 있는 세컨드 임팩트 발현지에 돌입한다. 스무스하게 에반게리온 제13호기가 있는곳까지 도착하려는 찰나 네르프의 AAA 분더 동형함이 나타나 포격을 가한다. 화력면에서 네르프 측의 분더가 훨씬 압도적인 상황.[18] 결국 L결계를 강행 돌파하는데 내부에서 나타난 것은 무수히 많은 에바 인피니티들. 이들을 무시하고 더 깊은 곳을 향해가는 일행의 앞에 또 다른 AAA 분더가 나타나 길을 막는다. 미사토는 포격으로 응하지 않고 강행돌파하여 네르프의 AAA 분더에 밀착, 그 순간 빌레의 AAA 분더 날개 아랫면 파츠가 손과 같은 형태로 변형하여 적함을 붙잡게 된다. 그리고 이를 돌려 방패삼아 에바 인피니티 무리 돌파에 성공한다.

그 다음에 도달한 곳은 L결계 3층, 여기서는 에바 마크7[19]의 엄청난 숫자가 습격해온다. 결국 마리와 아스카의 에바 8호기(임시) 2호기(임시)가 출격하여 이들을 모두 물리치고, 검은 달 아래에 있던 네르프 본부 상륙에 성공한다. 마리가 둘을 방해하는 네르프의 에바들(초호기 팔만 두짝 붙여놓은 공같은 형태)과 사투를 벌이며 시간을 벌고, 그 틈에 아스카는 13호기의 기동을 저지할 수 있는 특수장치를 코어에 박으려고 다가간다.

하지만 13호기에게 두려움을 느낀 신 에바 2호기가 AT 필드를 발동하고 지금 상태로는 뚫을 수 없다는 것을 직감한다. 이에 아스카는 안대를 풀더니 눈에서 소형의 사도봉인용주저주와 유사하게 물건을 끄집어내고, 곧 사람의 모습을 버리고 사도화하면서 AT 필드를 강제로 찢어버리려 한다.[20] AT 필드를 찢어낸 그 순간, 갑자기 창에 찔려서 봉인된 것처럼 보였던 13호기에서 발사된 빔이 2호기의 머리를 직격하며 아스카는 큰 충격을 받는다. 충격에 에바 2호기와 아스카가 멈칫한 사이, 13호기는 스스로 구속구를 풀어내고 자리에 일어나더니 간단히 2호기를 제압해버린다. 13호기에 붙잡힌 2호기 내부의 아스카 앞에 또 다른 아스카가 나타나고, 아스카(시키나미)는 상대방을 '시키나미 타입의 오리지날'이라 부르며 알고 있다고 말하며 자신은 복제품에 불과하다고 말한다.[21] DSS초커를 보여주며 너의 뜻대로는 되지 않을 것이라 자신만만해하는 시키나미지만, 오리지날 아스카의 환영이 시키나미의 몸에 손을대자 곧바로 육체가 형체를 잃으며 사라져버리고 빈 자리에서 초커만 의미없는 폭발을 일으키고 만다. 그리고 13호기는 2호기의 엔트리 플러그를 뽑아서 손에 넣는다.

이 과정을 지켜본 마리와 빌레의 크루들은 그제서야 겐도의 진짜 목적은 사도화된 아스카였고, 그녀와 13호기를 트리거로 사용해 자신만의 임팩트를 일으킬 의도였음을 깨닫는다. 그리고 일단 네르프 본부로부터 철수하는 마리. 동시에 빌레의 함을 견제하던 네르프 측의 AAA 분더 2대가 갑자기 검은달 주변으로 접근하더니 아담과 유사한 형태의 날개를 생성, 알 수 없는 의식을 시작한다. 이에 빌레의 AAA 분더측은 저지를 위해 포격을 준비하나, 네르프의 또 다른 AAA 분더[22]가 빌레의 전함과 충돌하여 큰 충격을 입힌다. 그와 동시에 어디선가 에반게리온 마크 9이 나타나서 Q에서처럼 파란색 촉수를 빌레의 함 내부에 퍼뜨리며 잠식을 시도, 결국 조종 권한이 마크9에게 넘어간[23] AAA 분더 역시 네르프의 전함들처럼 날개를 펼치고 검은 달 주변에서 의식에 힘을 보태게 되고 만다.[24][26]

4대의 AAA 분더가 의식을 행하자 검은 달은 거대한 롱기누스의 창의 형상으로 변형되더니 가프의 문 너머로 사라진다. 이를 보며 "내가 할 일은 전부 다 해주었다. 이제 남은건 자네의 선택이다, 겐도군."이라고 하며 네르프 전함 안에서 그것을 바라보고 있는 후유츠키. 이어서 무력화된 빌레의 AAA 분더에 이카리 겐도가 나타나서 에반게리온 초호기의 반환을 요구한다. 한편 대파된 분더에서 나와서 저지하려는 리츠코와 미사토는 이카리 겐도를 만나는데 리츠코는 말도 하기전에 바로 겐도의 머리에 총부터 발사해 버린다. 겐도가 눈에 쓰고 있던 바이저에 명중하였는데도 다시 일어나자, "나는 미사토와 다르게 망설임 없이 바로 행동하는 사람이라서 말이지"라고 말하며 겐도의 머리통을 계속해서 인정사정없이 총으로 쏘는 리츠코, 하지만 총을 수차례 머리에 맞은 겐도는 어째서인지 죽지 않고 사방에 튄 뇌수를 다시 주워서 머리에 담는 충격적인 모습을 보인다. 사실 겐도는 이미 에반게리온 Q 시점에서 인간이길 포기하고 사도화가 된 상태였다. 에반게리온 파에서 카지가 가져온 느부갓네살의 열쇠는 이것을 위한 물건이었던 것.[27] 이때 인류보완계획을 위해 아스카를 희생하는 것이냐는 미사토의 말에 겐도는 본래 이러한 목적을 위해 아야나미, 시키나미 시리즈를 만든 것이라고 무덤덤하게 말한다.

그리고 가프의 문을 통해 엄청나게 많은 수의 영혼들이 쏟아져 나와 온 지구를 뒤덮는다. 그러면서 겐도는 '세컨드 임팩트를 통한 바다의 정화, 서드 임팩트를 통한 지상의 정화, 그리고 포스 임팩트를 통한 영혼의 정화야말로 제레의 인류보완계획이다'라고 설명을 이어간다. 한편, 이카리 겐도의 등장과 동시에 격리된 방 안에서 카오루의 환영이 나타나 Q의 장면과 대사가 플래시백되며 "둘이서 리린의 희망이 되자"이라고 하는데 신지는 미소를 지으며 "응. 카오루군."라고 대답하고 방을 나선다. 목적이었던 초호기를 확보한 겐도는 눈에서 사도들과 같은 레이저 빔을 빌레의 AAA 분더에게 명중시키고 떠나려고 하나, 이 때 신지가 나타나며 아버지라고 부른다. 잠시 멈칫하지만 그대로 13호에 탑승한 채 마이너스 우주로 가버린 겐도. 한편, 이 때 마리는 AAA 분더로 복귀하여 잠식중이던 마크9을 습격하고 비스트 모드로 쉽게 박살내고 먹어치워버린다.

허구세계인 마이너스 우주에는 AAA 분더조차 진입이 불가능했기에, 더 이상 겐도를 막을 방법이 없다며 주저 앉는 뷜레의 크루들 앞에 자신이 겐도를 막겠다며 에바에 타겠다는 신지가 나선다. 그러나 그렇게는 안된다며 총으로 저지하는 키타카미 미도리.[28] 그러는 와중에 뒤에서 다른 이가 총격을 가하는데, 그것은 스즈하라 사쿠라였다. 그녀까지 합세하여 신지를 막는데 이쪽은 팔다리를 쏘아서 아예 못타게 하겠다는 생각이었다.[29] 감정적으로 동요하는 듯한 사쿠라가 다시 발사한 총탄에 신지를 감싸려던 미사토가 대신 맞고 쓰러진다. 사쿠라는 이 때 니어서드가 일어났기 때문에 아버지가 돌아가셨지만 반대로 그때 사도를 막지 못했다면 어차피 인류는 끝났기 때문에 은혜도 입었다고 방황한다. 그런 사쿠라를 보며 땅에 총을 쏘고 오히려 그것을 막는 미도리. 그리고 뭔가 각오를 다진 신지의 얼굴을 보며 미사토는 지금까지 미안했고 다녀오라고 말하며, 신지는 자신의 관리하에 있으며 신지로 인해 발생한 일은 물론 앞으로 발생할 일까지 모든 책임은 자신에게 있다며 뷜레 대원들을 설득한다. 이 때, 마리와 8호기가 나타나고 신지는 미사토에게 고마웠다고 말하며 다녀오겠다고 말한다.[30]

신지와 마리의 8호기는 겐도의 뒤를 따라 가프의 문 너머의 마이너스 우주로 향한다.[31] 마이너스 우주는 실체가 없는 공간으로, 양자 텔레포트를 반복하며 사라져가는 겐도. 이를 본 마리는 '제법이네 겐도군'이라고 말한다. 신지는 마리에게도 다녀오겠다고 말하면서 아야나미를 부르더니 갑자기 이공간 전이(?)포탈같은 것이 열리고, 이를 통과하는 신지에게 마리는 '네가 어디에 있든 반드시 데리러 가겠다'고 소리친다. 신지는 곧 초호기의 코어에 도착하는데, 초호기 내부에 있는 아야나미 레이의 힘을 빌린 듯하다. 초호기의 엔트리 플러그에는 신지가 에바에 타도록하지 않겠다고 결심한 서, 파의 레이인 장발 레이가 있고[32] 신지는 고맙다고 이제 내가 다 알아서 한다라고 말하며 초호기의 조종석에 앉는다. 그리고 이 때, 빌레의 멤버들에게도 초호기의 신호가 잡히는데 싱크로율0%가 무한대 표시로 바뀌게 된다.

신지가 초호기에 탑승하자 마이너스 우주안에 있던 13호기에게서 초호기가 떨어져 나온다. 신지는 겐도를 막기 위해 "이제 그만하세요 아버지!"라고 설득하나 듣지 않는 겐도. 그리고 두 대의 에바가 엉겨붙은 채 마이너스 우주 깊숙한 곳으로 계속해서 날아가고, 끝내 겐도의 진정한 목표지점이었단 '골고다 오브젝트'에 도착한다. 이는 허구세계와 현실세계의 경계선에 신적 존재가 남겨놓은 존재로, 여기에 접촉하면 원하는대로 우주를 재창조할 수 있다고 설명하는 겐도. 즉, 겐도의 진짜 목적은 포스 임팩트까지 일으켜 세계를 완전히 정화하고 모든 영혼까지 통합한 후, 본인이 트리거가 되는 임팩트를 일으켜 골고다 오브젝트까지 나아가 '모든 인류가 하나의 존재가 되어, 그 어떤 다툼도 문제도 일으키지 않는 평온한 우주를 만들고, 그 곳에서 유이와 재회하는 것'이라고 신지에게 자신의 목적을 말하는 겐도.[33]

골고다 오브젝트에 도착한 신지와 겐도. 겐도는 순순히 초호기를 넘기라고 말하지만 신지는 거부하고, 그렇게 초호기와 13호기의 전투가 시작된다.[34] 하지만 겐도에게 전혀 상대가 되지 않고 신지는 부딪힐 때마다 번번히 튕겨나갈 뿐이었다. 이 때 연출이 좀 기괴한데, 튕겨나갈 때마다 풍경이 세트장처럼 깨지면서 마치 특촬물 촬영 세트처럼 되어있다. 이를 보며 "뭐야 이게?!"라고 신지가 말하자 '여기는 나의 심상세계이고 너의 기억들이 그대로 장소화된 것'이라고 겐도는 말한다. 에반게리온 서~파에서 나온 장소들(초호기 첫 출격 장소, 제3신도쿄시, 미사토 방 등등)을 거치며 겐도와 신지는 싸움을 계속하지만 겐도는 신지에게 싸움으로 해결이 되지 않는 것이라고 한다. 이에 신지는 아버지와 이야기를 하고 싶다고 말하고 그러자 장소가 네르프 사령관실로 바뀌며 두 사람의 대화가 시작되고 겐도는 신지에게 보여줄 것이 있다고 말한다. 그리고 두 사람은 구 네르프 본부에서 릴리스가 있던 방으로 이동하고, 신지의 눈 앞에 보이는 것은 온 몸이 검은색인 릴리스. 이게 무엇이냐고 묻는 신지에게 겐도는 '에반게리온 이매지너리'라 말하며, 허구와 현실을 믿는 사람에게만 보이는 존재라고 말한다.[35] 그리고 이내 검은 릴리스, 에반게리온 이마지너리가 녹아내리며 에디셔널 임팩트가 본격적으로 시작된다.

에디셔널 임팩트의 시작과 함께 가프의 문을 넘어서 EOE 당시처럼 거대 레이의 형상을 한 릴리스가 똑같이 흐느적거리면서 일어선다.[36] 한편, 이 장면을 네르프 측 전함 조종석에서 묵묵하게 지켜보는 후유츠키. 그의 앞에 돌연 마리가 나타나서 '선생님'이라 부르며 대화를 이어간다. '겐도와 나는 희망이라는 병에 걸렸던 것 같다'라고 말하는 후유츠키에게 '아무리 그래도 전인류를 끌어들이는건 너무하셨어요'라고 능청스럽게 답하는 마리. 후유츠키는 '네가 원하는건 다 준비해놨다'고 말하며 '이스카리욧의 마리아'라는 이름으로 마리를 부른다. 오랜만에 그 이름을 듣는다며 마리는 마지막 인사를 남기고 퇴장, 혼자남은 후유츠키는 레이의 모습을 한 릴리스(에반게리온 이매지너리)를 바라보며 '이걸로 된건가. 유이군'이라는 마지막 한 마디를 남기고는 안티L결계에 너무 오래 노출된 탓에 LCL화하여 사라진다.

그리고 마리는 가프의 문 주변의 네르프의 AAA 분더를 제어하는 에반게리온 마크10~12호기와 대치한다.[37] 큰 어려움없이 마리는 하나씩 에바들을 해치우고 마크9에게 했던것처럼 잡아먹어버린다. 에바를 잡아먹을때마다 마크8도 더욱 강해지며[38] 등 뒤의 헤일로에도 원이 추가된다.[39] 그리고 마크8에서 빔을 발사해서 AAA 분더 3대를 모두 파괴하며 마리는 '이제 리림들이 너희를 이용할 일은 없을 거야. 아담스의 그릇'이라고 독백을 한다.

마이너스 우주에서는 신지가 계속해서 겐도를 설득하고 있다. 그러자 아버지를 이해한다고 하며 아버지는 그저 서툴렀던 것 뿐이였다고 겐도에게 다가가는 신지. 그런데 어째서인지 겐도에게 AT 필드가 전개되며 신지를 접근하지 못하게 막는데 그것을 보며 "어째서... 이럴 리가 없는데 사람의 모습을 버린 내게서 왜 AT 필드가? 설마 나는 신지를 두려워하고 있는건가..."라고 말하며 뒷걸음 치는 겐도. 그에 비해 신지는 매우 담담한 모습으로 한 걸음 더 다가가더니 카세트 테이프를 건넨다. 카세트 테이프를 건네는 손이 가볍게 AT필드를 통과하자 마음의 벽도 허물어진듯 에바 역사상 처음으로 겐도가 자신의 모든 것을 신지에게 털어놓는다.

이카리 겐도는 어릴 때부터 혼자 있는 것을 좋아했고 자신은 쭉 혼자라는 것을 당연하게 여겨왔고 자기 자신도 무지한 타인이 자신에게 접근하는 것을 혐오했다. 그런 겐도에게 있어서 삶의 유일한 낙은 지식을 얻는 행위와 연주하면 정확한 소리를 내어주는 피아노 뿐이였는데[40] 그런 겐도에게 마리로 보이는 인물이 다가오고 후유츠키와 유이를 소개해준다. 그리고 그런 겐도에게 유이라는 사람이 다가와서 세상을 알려준다. 그것을 통해 겐도는 조금씩 마음을 열고 신지도 출산함으로써 진정한 의미로 어른이 되려는 찰나 에바 실험에 의해 유이가 사망한다. 자신의 모든 것이였던 유이를 잃은 겐도는 지금까지 고독했기에 몰랐지만 유이를 잃음으로서 고독을 알게 되어 버렸고 그 때 부터 지금 실행하는 계획의 모든 것을 시작했고 이것은 모두 그저 단 하나의 바람 '유이와의 재회'를 위한 것이였던 것.[41] 유이가 죽고 나서 겐도는 사실 신지는 안중에도 없었고 속죄라는 이유로 신지를 홀로 두게 된다. 그저 유이와의 재회라는 목적 하나만을 위해서 유이의 클론인 레이를 만들어내고 처음에는 그것마저 여러 번 실패하면서 허물어져가는 레이를 보며 겐도가 절망하는 장면이 나온다.[42]

한편 이 시점에서 분더 안에서는 임팩트를 막기 위해 또 다른 창이 필요하다며, 분더의 심장부[43]를 개조하여 창을 만들어 신지에게 보내려는 계획을 세우고 '가이우스의 창'을 완성한 뒤 그것을 보내는데 미사토는 자신만이 하겠다고 하고 다른 대원들을 분더에서 탈출시킨다.[44] 그리고 카츠라기는 마리와 함께 거대 레이를 향해 날아가고, AT필드를 집중시켜 가로막는 거대 레이의 손을 돌파한 후 눈까지 도달한다. 그리고 눈에 도달할 때쯤, 마리는 9~12호기를 전부 흡수한 8호와 AAA 분더의 힘으로 몸체를 창으로 개조하는데 성공한다.[45] 거대 레이 눈에도 AT 필드가 있었고 이것을 뚫고 보내는 과정에서 분더와 함께 미사토는 폭사하나 결국 신지와 겐도가 있는 세계로 창을 보내는데까지 성공하고 만다. 폭사 직전 신지와 자신의 아들이 찍힌 사진을 보면서 "카지군 ...이걸로 내가 할 일은 충분히 한걸까? 부모로써 조금은 자격이 생긴걸까?" 라고 유언을 남긴다.[46] 즉, 미사토에게 있어서 신지는 자신의 또 하나의 아들같은 존재였던 것.

그리고 장소는 전철 속으로 바뀌고 이제까지 봐왔던 카운셀링을 당하는 신지가 아니라 그 신지에게 카운셀링을 당하는 어린 시절 겐도(안경 쓴 신지의 모습과 유사하다)가 있다. 자신을 카운셀링하는 신지의 모습에서 유이를 발견하고 "아아...거기에 있었던건가 유이..."라고 하며 카세트를 들고 하차하는 겐도. 결국 겐도는 자신이 그토록 찾아 해매던 구원이 아주 머나먼 곳이 아닌 아주 가까운 곳에 있었음을 깨닫게 된 것이다.

겐도가 전철에서 내린 후 카오루가 나타나 “여기서부터는 내가 이어받겠다” 고 한다. 여기서부터 카오루는 겐도를 대신해 신지와 함께 파이널 임팩트를 지켜보게 된다.

다시 장면이 전환되고 엔드 오브 에바 마지막 장면 바로 그 붉게 물든 바다에서 아스카가 꿈에서 죽은 부모의 장례를 치룬 후의 어린 자신, 그리고 그런 자신에게 말을 거는 인형탈을 쓴 켄스케의 환상을 본 뒤 "나...지금까지 잤던거야?"라고 말하며 깨어나는데 옆에는 신지가 있고 "나를 좋아해줘서 고마워 아스카 나도 아스카를 좋아했어"라고 말한다. 이 말을 듣고 얼굴을 붉히며 돌아눕는 아스카.[47] 그러자 신지는 "켄스케에게 안부 전해줘"라고 말하고 이 때 마리도 갑자기 나타나서 "공주님(히메), 건강해야 해"라고 작별 인사를 한다. 그리고 아스카가 들어 있는 엔트리 플러그를 사출해 버린다. 이후 켄스케의 집 앞에 엔트리 플러그 조종석 째로 떨어져 야상과 팬티만 걸친 아스카의 당혹스러운 표정을 보여주는 장면이 압권(...).[48]

카오루는 멀어져가는 아스카의 엔트리 플러그를 지켜보며[49] 신지에게 "가버렸구나. 쓸쓸하지 않니?" 라고 묻고, 신지는 괜찮다고 한다. 이에 카오루는 "그렇구나. 넌 어느새 성장해 있었구나. 조금 쓸쓸하지만, 그것도 괜찮다."며 뿌듯함과 아쉬움을 내비친다. 이에 신지는 수긍하며 다음은 네 차례라고 한다.

장면이 전환되며 tv판 24화에서 신지와 카오루가 처음 만났던 목 없는 석상 장면과 함께 신지는 "여기서 몇 번이고 널 만났다"며 마치 신지가 이전 루프의 기억을 되찾은 듯한 의미심장한 대사를 하고, 카오루는 생명의 서에 이름이 적혀있기에 몇 번이고 만나는 게 이상하지 않다고 한다. 카오루는 "너는 이매지너리(상상)가 아닌 리얼리티(현실)에서 이미 정신적 회복을 이뤘구나. 난 너의 행복을 오해하고 있었다." 고 말한다.

여기서 바로 장면이 네르프 사령관실 비슷한 곳으로 장면이 전환되며 대뜸 카지 료지가 등장, "당신은 그를 행복하게 하고 싶은 게 아니라, 그를 통해 당신이 행복해지고 싶었던 겁니다" 라고 말하고, 카오루는 자신과 닮은 신지에게 끌렸고, 그래서 그를 행복하게 해 주고 싶었다고 고백한다. 그의 존재를 없앨 수 있는 건 진공 붕괴(우주의 멸망) 뿐이었고, 무한히 루프를 반복해야 했기에[50] 신지를 행복하게 하고자 하는 것이 유일한 삶의 구원이자 목표였던 것.[51] 장면은 해가 질 무렵의 바다. 어린 아이의 모습을 한 신지가 사이좋게 지내는 주문이라며 카오루에게 손을 내밀고, 카오루는 이를 맞잡으며 기쁜 듯 눈물을 흘린다.

"상보성이 있는 세계를 바라다니, 변함이 없구나 신지 너는." 이라고 말하는 카오루의 대사를 받아 바로 다시 사령관실로 장면이 전환되며, 카지는 "그렇기에 당신이 신지를 선택하고, 생명의 서에 이름을 적었다"고 한다.[52] 카오루는 이에 "고마워, 료쨩[53]에게는 도움을 받았네." 라고 한다. 아마도 서드 임팩트 저지 및 그의 부하로 신지를 행복하게 해 주려는 계획에 도움을 준 카지에 대한 감사 표시인 듯하다.

또다시 장면이 해양생물 보존 연구기관의 갑판 위의 두 사람으로 전환되며 , 카지는 "나기사...육지와 바다의 중간. 제 1사도와 제 13사도를 잇는, 지극히 당신다운 이름이다. 당신은 그 역할을 충분히 다했다." 고 하며, 만족한 듯 바다를 바라보는 카오루의 옆모습(예고편의 그 장면)이 비춰진다.[54]

이후 세트장(특촬물 세트장 같은 장소)에서 내다 본 농촌을 배경으로 카오루와 카지 두 사람은 "노후 밭일이라도 하시면 어떠냐" "그것도 좋겠네" 란 대사를 주고받으며 멀어지고, 두 사람 뒤로 셔터가 닫힌다. 마지막에 카오루와 카지의 뒤로 셔터가 닫힌다는 것은 작중에서의 역할이 끝났기 때문에 에바 세계에서 퇴장한다는 것을 의미한다고 할 수 있다.[55]

신지가 시선을 돌리자 모두가 떠난 세트장에는 장발 레이만이 남아있고, 신지는 "이제 남은 건 너 뿐이구나"라고 한다. 레이는 자신은 남아있어도 괜찮다고 말하지만 검은 레이를 본 신지는 "에바가 없어도 아야나미는 살아갈 수 있어. 그러니까 가도 돼"라고 말하고, "시간은 돌리지 않아. 그냥 에바가 없는 세계로 덮어쓰기할 뿐이야" 라는 대사와 함께 마주 본 신지와 아야나미 두 사람의 배경으로 세트장 벽에 빔 프로젝트로 영화를 쏜 것 같은 화면이 나온다. 지금까지 티비판, 에바 ~큐까지 장면컷들이 빠르게 지나가고 타이틀이 큐에서 티비판까지 역순으로 나오며 레이는 신지의 말에 화답하듯 "진정한 의미의 네온 제네시스(TV판 에반게리온 타이틀 Neon Genesis Evangelion)"[56]라고 말한다.긴 머리였던 레이는 어느 새 머리가 짧아져 교복을 입은 원래의 모습으로 돌아와 또 만나자는 신지에게 미소를 짓고, 세트장을 떠난다.[57] 혼자 남은 신지는 "네온 제네시스"를 되뇌이며 가이우스의 창을 움켜쥐는 것으로 결의를 다지고, 13호기를 안고 가이우스 창으로 같이 꿰뚫어 에바 세계(임팩트)를 끝내려한다. 그러자 에바의 플러그 안에서 이 모든 것을 보고 있던 유이가 나와 그것을 저지하고 신지를 떠나보낸다. 플러그에서 밀려나며 그것을 본 신지는 "엄마는 이것을 위해서 계속 내 안에 있었던 것이었구나..."라고 말하며 떠나간다.[58] 그리고 초호기 뒤로 13호기가 나타나 초호기를 끌어안는데, 이를 보며 신지는 '아버지는 엄마에게 작별인사를 하고 싶었을 뿐이었구나'라며 안타까워 한다. 그리고 유이가 겐도와 함께 창으로 2대의 에바를 꿰뚫자, 영호기부터 12호기까지 순서대로 창에 꿰뚫려서 파괴되는 연출이 나온다. 말 그대로 모든 에바의 종결을 의미하는 듯.[59]

에바들의 소멸과 함께 에반게리온 이매지너리 = 거대 레이가 붕과하면서 임팩트는 중단, 사람들의 형체가 흰색 고무찰흙같이 하늘에서 우루루 떨어지는데 엔드 오브 에바에서 거대 레이 목이 작살나면서 피(LCL)가 뿜어져나오던 연출과는 대조적이다.[60] 장면이 전환되고 우주에 AAA 분더가 작전실행전에 대기권 밖으로 내보낸 지구 동식물들의 샘플을 비춘 후, 초반부의 생존자 마을로 전환되고 신지가 시간을 보내던 구 네르프 초호기 격납고로 다시 전환된다. 격납고 앞 호수에는 AAA 분더가 마지막에 사출한 승무원들의 탈출 포트들이 착륙한 모습이 보이고, 이후 호숫가의 모래밭에 무수하게 많은 발자국이 찍혀있는 것을 보여주며 탈출한 승무원들이 모두 생존했음을 간접적으로 보여준다.[61]

이어서 신지는 엔드 오브 에바의 그 바다에 혼자 쭈그려 앉아서 먼산을 보고있는데 이 바다는 붉은 바다가 아니라 푸르게 정화된 바다다. 그리고 장면이 점점 완성본 → 채색된 원화 → 흑백원화 → 스케치 순으로 퀄리티 다운 되어가는데 갑자기 8호기가 바다에 나타나고 마리가 바다로 다이빙해 내리면서 다시 원래 완성본으로 화면이 전환. 마리는 사라져가는 9~12호기에게 미소지으며 "안녕, 아담스들아.[62] 다시는 리린에게 이용되지 말아야 해" 라며 작별하고, 물 위로 올라와 신지를 돌아보며 "어디에 있어도 내가 데리러 온다고 했지!"라고 하한다. 이후 장면이 전환된다.[63]

장소는 바뀌어 우베신카와역.[64] 카오루와 레이가 서로를 마주보며 역에서 있다가 전철이 들어오고, 마리의 손에 의해 신지의 시야가 가려져 이들의 행방은 알 수 없게 된다. 구석 벤치에는 아스카도 앉아서 휴대용 게임기로 게임을 하고 있다.[65] 그리고 어른이 된 신지가 정장을 입고 역 중앙 벤치에서 앉아있는다. 그러다 마리가 뒤에서 눈을 가리며 누구게를 시전. 미소를 지으며 "가슴이 큰 좋은 여자"라고 하자 마리는 "많이 성장했네 멍멍이"라고 하며 눈에서 손을 떼는데 “너야말로 여전히 예쁘다” 라며 미소 짓는 신지.[66] 그리고 목에 왠일인지 DSS 초커가 걸려있고 마리가 그것을 풀어준다. 그 뒤 마리가 신지의 손을 잡고 힘차게 달리며 역을 나오는데 역을 나오는 순간부터 헬리콥터로 위에서 찍은 듯한 구도로 화면이 나오고 실사로 바뀐다. 신지와 마리 주변 마을 사람들은 실사가 아닌 3D이다.

그리고 마을 풍경과 건물을 비추며 영화는 끝이 나고 엔딩 크레딧이 올라간다. 엔딩 노래는 처음에는 우타다 히카루의 One Last Kiss가 나오고 그 다음에 익숙한 Beautiful World 어레인지 버전이[67] 흘러나오고 흰 화면 우측 하단에 終劇(종극)이라는 문구가 뜬 후 추가 영상 없이 영화는 완전 종료된다.