치바현 마쿠하라시에 직하형 대지진이 일어났다는 긴급 뉴스가 흐른다. 고교생인 야마토(도모토 코이치)는 소꿉친구 키이치(코하라 유키)가 이사한 곳이 진앙지라는 것을 알게 된다. 몇 번이나 키이치에게 전화해도 연결되지 않아, 걱정이 된 야마토는 연인 스즈코(야다 아키코)가 막아도 듣지 않고 키이치의 안부를 확인하러 마쿠하리로 향한다.

대지진으로 교통이 두절되어 자전거로 향하는 도중, 야마토는 재해 자원 봉사를 목적으로 마쿠하라로 향하던 고교생 타케루(도모토 쯔요시)와 만난다. 목적지가 똑같은 두 사람은 마쿠하라까지 행동을 함께 한다. 마쿠하라 부근의 상상 외의 엄중한 경비에 길이 막힌 두 사람은 구호품을 운반하는 자위대의 트럭 짐칸에 숨어 마쿠하라 진입을 시도한다. 그러나, 짐을 싣는 곳에 있는 구호 물품은 모두 비어있었다.

마쿠하라에 도착한 순간 두 사람이 탄 트럭이 폭주, 두 사람은 펜스로 둘러싸인 거리에 잠입하는 데 성공했다.

하지만 그 곳에서 펼쳐진 것은 직하형 대지진이 일어난 광경이 아니라 T마쿠하라 바이러스에 감염된 어른이 사라지고 아이들만 남은 폭력과 절망이 만연한 마쿠하리의 무서운 상황이었다.

아이들끼리 생활하는 마을을 걷고 있던 야마토. 그 곳에서 아키라(아이바 마사키)들과 만나, 소지하고 있는 짐을 모두 뺏어가겠다고 협박당하고 만다.

그러나 거기에 유리(호쇼 마이)라는 소녀가 나타나 권총으로 아키라들을 몰아내고 반대로 야마토의 짐을 빼앗으려 한다. 유리는 권총으로 위협해서 물자를 탈취하고 아이들만 남은 마을·마쿠하라의 일부를 지배하고 있었다.

야마토는 유리의 동료·모리(마츠모토 준)의 안내를 받아 친구의 키이치와 상봉하는 것을 성공하지만, 거기서 기다린 것은 뜻밖의 배신이었다…….

T마쿠하라 바이러스에 감염됐을 가능성이 있어 밖에 나갈 수 없는 야마토(도모토 코이치)와 타케루(도모토 쯔요시)는 일단 부둣가에서 텐트를 치고 살게 된다. 전기도 물도 가스도 없고 휴대전화의 전파도 차단되어 살기 위해서라면 무엇을 해도 용서받는 가혹한 현실이 그 곳에는 있었다. 하루에 한번 밖에 닿지 않는 배급 물자는 빼앗겨 약한 자는 물자를 구할 수 없게 된다.

두 사람은 살아가기 위해서 마쿠하라에서 물자를 끌어 모은다. 그런 가운데 야마토는 신발을 다른 소년에게 빼앗겨 추운 날씨에 아스팔트를 맨발로 걷는 소년을 만난다. 야마토는 소년에게 신발을 선물하려 하지만 마쿠하리에서 생활하려면 남에게 간섭하지 말라고 키이치(코하라 유우키)에 한 소리를 듣게 되고 만다.

참지 못한 야마토는 아키라(아이바 마사키)들에게 물물 교환을 부탁하지만, 신발이 필요하면 차를 준비하라고 듣는다. 모리(마츠모토 준)는 죽은 부모의 무덤 앞에 있었다. 거기에서는 모리의 누나가 사는 마을이 보인다. 타케루는 모리가 바다 건너에 사는 누나를 만나고 싶어한다고 생각하고 모리의 애견 리키의 목덜미에 "모리는 살아 있다"는 편지를 붙여 누나가 있는 곳에 도착하도록 리키를 놓아준다. 그러나 대책 본부에 리키가 달아난 것이 발견되어 리키는 총알을 맞고 만다.

총탄을 피한 리키가 무사히 누나에게 도착하기를 바라는 타케루와 모리. 그 때, 이미 모리가 죽었다고 생각한 누나에게 마쿠하라에 갇힌 상황을 전하는 것은 잔인하다고 유리가 충고한다.

한편 몇 번 전화를 해도 야마토가 받지 않아 불안한 스즈코(야다 아키코)는 학교에서 야마토가 소사체로 발견됐다는 소식을 듣는다.

그리고 야마토는 타케루가 마쿠하리에 온 진짜 이유를 알게 되는데…

마쿠하리에서 나올 수 없는 야마토(도모토 코이치)와 타케루(도모토 쯔요시)는 급조이긴 하지만 어린 아이들의 학교를 만듦으로써 조금씩 그들의 미소를 되찾아 간다. 밖에 못 나가는데 공부를 하는 의미가 있느냐며 아이들에게 질문받아, 타케루는 언젠가 반드시 밖에 나갈 수 있다고 격려한다.

한편 유리(호쇼 마이)는 야마토의 만류를 듣지 않고 여전히 권총을 사용하고 배급 물자를 독차지하고 있었다.

한편 대책 본부장의 시바사키(하쿠류)로부터 마쿠하리에 있는 아이들에게 정확한 인원을 파악하기 위한 방안으로서 친한 사람끼리 그룹을 만들어 각 리더에 배급 물자를 똑같이 나누어 주겠다는 명령이 떨어진다. 그 결과 그룹에 들어갈 수 없어 고립된 아이들도 나왔다. 키이치(코하라 유키)는 비밀로 뗏목을 만들어 마쿠하리에서 탈출하는 것을 야마토에 제의한다. 그런 가운데 유리가 갖고 있던 권총이 누군가에게 도둑맞고 만다. 무기를 잃은 유리가 혼자 행동한다면 지금까지의 복수를 당할 것을 걱정한 야마토는 유리에 함께 행동하자고 제안하지만 거절당한다. 타케루는 유리에게서 야마토와 키이치가 몰래 마쿠하라 밖으로 뗏목으로 탈출하려고 계획하고 있음을 듣고 만다. 아무 말도 하지 않는 야마토에게 타케루는 짜증을 숨기질 못한다.

권총을 잃은 유리는 예상대로 보복 표적이 되어 함께 있는 모리(마츠모토 준)도 폭행당하게 된다. 차지했던 식량도 빼앗겨버렸다. 사실 유리는 배급 물자의 쟁탈전에 진 어린 아이들을 위해 식량을 모았던 것이었다. 유리들을 숨기고 있던 야마토와 타케루도 폭행당해 아키라(아이바 마사키)들에게 유리를 빼앗기게 된다.

그리고 뗏목이 완성, 야마토와 키이치는 마침내 탈출의 날을 맞는데…

야마토(도모토 코이치)와 타케루(도모토 쯔요시)는 마쿠하리의 생활에 조금씩 익숙해지고 타케루는 추위를 타는 야마토 때문에 먹을 것과 교환해 스웨터를 손에 넣는다.

한편 야마토는 류(도쿠야마 히데노리)들에게 괴롭힘 받던 카오루라는 아이를 학교에 숨긴다. 유리(호쇼 마이)는 권총을 잃은 지금, 함께 생활하고 있던 어린 아이들에게 류들의 위해가 미칠 가능성을 생각하고 신참자인 카오루를 쫓아내라고 야마토에게 충고하지만 야마토는 듣지 않는다. 모리(마츠모토 준)와 카오루는 애견 리키를 통해서 점차 우정이 싹트고 있었다.

학교에 온 류들은 사람이 먹을 것이 없는데 개에게 먹이를 주지 말라고 모리에게 폭력을 휘두른다. 모리가 개를 키우고 있다고 류들에게 밀고한 것은 카오루였다.

모리는 카오루에서 바뀌어 왕따 타깃이 되고 이를 구해준 키이치(코하라 유우키)는 류에게 칼에 오른발을 찔린다. 야마토는 키이치의 상처를 치료해달다고 대책 본부장의 시바사키(하쿠류)에게 부탁해서 구호 팀이 파견되지만, 류들의 방해로 키이치는 치료를 받지 못한다. 점점 약해지는 키이치를 야마토는 밤새도록 간호한다.

그룹 규모를 점점 확대하는 류. 마침내 류들이 리더가 되어 배급 물자를 모두 받게 된다. 류의 사주로 배급 물자에는 다친 키이치 몫은 없이, 쓸모가 없는 사람에게는 음식을 주지 않고 굶어 죽으라고 말한다.

류의 폭력을 피하고 키이치를 지키기 위해 야마토는 학교에 바리케이드를 설치. 그런 가운데 모리가 모습을 감추어 버린다. 무서워서 혼자 숨어 있을 것이라는 생각을 한 타케루와 유리는 모리가 류가 있는 곳에 있는 것을 알게 된다. 찾아온 타케루들에게 모리는 자신의 의지로 왔다고 이야기하고 류는 모리에게 칼로 타케루와 유리를 찌르라고 명령한다. 어려운 선택이 맡겨진 모리는…….

유리(호쇼 마이)로부터 권유받은 야마토(도모토 코이치)와 타케루(도모토 쯔요시)는 유리들이 살고 있는 학교의 일각으로 이사하게 됐다.

야마토는 키이치(코하라 유키)의 칼에 찔린 다리 상처를 고치기 위해, 마쿠하리에 오는 자위 대원에게 여러 차례 약을 요구를 하지만 들어주지 않는다. 그런 가운데, 자위대원 중 한명이 아이와 몸이 직접적으로 닿아 T마쿠하라 바이러스에 감염되어 버리는 사건이 일어난다. 감염된 자위대원은 버림받아 마쿠하리에 남게 된다.

만족스러운 치료를 받지 못하는 키이치는 열이 내리지 않고 심하게 고생한다. 적어도 소독만이라도라고 생각한 야마토와 타케루는 마쿠하리에서 약을 구하려 찾아다니지만 찾지 못한다.

T마쿠하라 바이러스에 감염된 자위대원은 그 날 밤에 죽었다.

그 자위대원의 시신에 위장해, 야마토는 마쿠하리에서 헬기로 탈출에 성공하지만 곧 그것을 대책 본부가 알게 된다. 마쿠하라 지구는 야마토가 나타날 때까지 식량 배급이 중단되면서 아이들은 식량을 가지고 다투게 되고 다시 혼란에 빠져든다.

밖의 세계에 당도한 야마토. 그러나 대책 본부는 야마토를 잡기 위해서, 마쿠하리에서 총을 가진 자위대원이 도주했다고 거짓 발표를 하고 도망친 야마토는 약을 구할 수 없게 된다. 적의 수색을 뚫고 겨우 약을 손에 넣은 야마토는 마침내 자위대에게 발견된다. 내몰린 야마토는 폭우 속 벼랑에서 떨어져서 다리를 다친다.

한편 타케루들은 밖에 나가서 자유로워진 야마토가 마쿠하리에는 이제 돌아오지 않을 것이라고 생각한다.

그러나 그 때 야마토는 권총을 가진 순경에게 들키고 만다.

류(도쿠야마 히데노리)는 대책 본부에 식량을 늘려달라고 호소했다. 타케루(도모토 쯔요시)가 류를 막으려고 할 때 레이지(모리 쇼지)라는 조금 연상인 남자에게 막힌다. 레이지의 손은 차가웠다. T마쿠하라 바이러스에 감염되어 죽을 때, 2일 전부터 손이 찰 조짐이 나타난다는 이야기를 듣는 타케루. 레이지는 20세를 넘어섰다.

레이지는 팔리지 않는 뮤지션이었다. 죽음이 다가오고 있다는 것을 모르는 레이지는 마쿠하리에서 나가면 직접 만든 곡을 인디즈로 내놓고 싶다는 꿈을 타케루에게 말했다.

그런 가운데 모리(마츠모토 준)가 본 적 없는 꽃을 운석 구멍 근처에서 발견한다. 야마토(도모토 코이치)는 친해진 대책 본부장의 시바사키(하쿠류)에게 꽃을 주고 바이러스 해결의 힌트로 조사해달라고 부탁한다.

그 다음날 왠지 마쿠하라에 대한 배급이 중단됐다. 류들은 야마토와 시바자키 둘의 신뢰 관계가 있어 야마토만 뒤에서 식량을 확보하는 것으로 의심. 야마토와 류 누가 리더에 맞는지 선거를 치르게 됐다.

레이지는 곧 자신이 죽는 것을 알고 타케루는 남은 시간 동안 그가 만든 곡을 배운다. 언젠가 이곳을 나가면 레이지의 곡을 밖에 있는 모두가 들었으면 좋겠다고.

타케루는 기타의 현을 시바사키에게 부탁해 달라고 야마토에게 간청하지만 평등하지 않다고 대립한다. 타케루는 만류하는 유리(호쇼 마이)에게 야마토가 좋다고 솔직하게 이야기하라고 한다.

시바사키는 배급 중단된 마쿠하라 지구에 독단으로 식량을 조달해 배급한다. 시바자키는 야마토에게 식량이 늦어진 속죄의 의미로 모두가 기뻐하는 것을 1개 선물해주겠다고 전한다.

그 때, 타케루는 야마토들 앞에서 레이지에게 배운 노래 『 바람 없는 거리 』를 선보인다.

선거로 리더가 된 야마토(도모토 코이치)는 마쿠하라 지구 임시 정부 간부 회의를 갖고 마쿠하리의 어린이들을 위해 무엇을 할지를 생각한다. 아키라(아이바 마사키)는 모두가 일치단결하기 위해서 마쿠하리의 깃발을 만들자고 제안한다. 논의한 결과 이 지구는 아키라의 아이디어로 "미만 도시(시티)"로 불린다.

배급만으로는 식량이 부족하기 때문에 채소를 기르는 자급자족을 생각한 야마토는 대책 본부장의 시바사키(하쿠류)에게 채소 씨앗을 달라고 부탁하지만 거절당한다.

스즈코(야다 아키코)는 야마토가 살아 있는 것을 확인하기 위해 상경해 마쿠하라의 상황을 조사하고 있었지만 두드러진 정보는 얻을 수 없었다.

타케루(도모토 쯔요시)는 채소의 씨앗이 어딘가에 남지 않았는지 찾아보자고 제안. 그리고 감자가 한 개 남아 있는 것을 발견한다. 야마토들은 유일하게 흙이 있는 운석 구멍 부근에 감자를 심었다. 다음날 아침, 무려 감자는 하룻밤에 훌륭하게 자라 열매가 열려있었다. 야마토들은 동네의 채소 씨앗을 모아 아이들과 자급자족을 시작한다.

한편 마쿠하라에 도착한 스즈코는 펜스를 강행돌파해 마쿠하라에 침입, 드디어 야마토와 재회. 야마토들과 마쿠하라에서 생활을 함께하게 된다.

스즈코는 밖의 정보를 모두에게 말하지만 유리(호쇼 마이)가 나무란다.

정부는 마쿠하라에 대한 배급을 중지했지만, 시바자키가 독자적인 경로로 배급한 일이 차관(카노오 텐메이)에게 들켜 시바자키는 퇴임 위기에 처한다.

시바사키 혼자 힘으로는 배급을 재개하는 것이 어려워져 마쿠하라 지구에 대한 배급은 본격적으로 중단됐다. 마쿠하라는 배고픈 아이들이 식량을 서로 차지하려는 폭력이 지배하는 이전 상태로 돌아간다.

야마토는 마쿠하라 밖에 자신들이 살아있는 것을 전하려고, 무전기를 만들어 라디오를 탈취하려는 계획을 한다.

타케루(도모토 쯔요시)가 유리(호쇼 마이)의 손을 잡았다. 유리의 손은 차가웠다. T마쿠하라 바이러스에 감염된 사람은 죽기 직전 손이 차가워지고 그 후 2일 전후로 사망에 이른다. 유리가 모리(마츠모토 준)에게 자신의 손을 만지게 하지만, 모리는 거짓말로 차갑지 않다고 이야기 한다. 확실히 유리의 죽음이 다가오고 있음을 알게 된 야마토(도모토 코이치)와 타케루들은 무언가 유리를 위해 할 수 있는 것은 없는지 생각한다.

그러나 유리는 그것을 알고 있었다. 살아 생전에 못 다한 일이 있다는 유리는 대책 본부장의 시바사키(하쿠류)를 만나고 싶다고 말한다. 사실은 유리의 어머니가 시바자키에게 권총으로 살해됐다는 것이다. 복수할 때까지 죽을 수 없다고 말하는 유리.

한편 타케루는 유리가 야마토를 좋아한다고 야마토에게 말한다. 당황하는 야마토에게 타케루는 마음에 답할 수 없다면 적어도 유리의 곁에 있어달라고 간청한다. 스즈코(야다 아키코)는 유리가 곧 죽는 것을 모르고, 야마토가 좋다고 유리에게 말한다. 그런 가운데 마침내 타케루는 유리에게 자신의 마음을 전하고, 야마토가 아니라 내가 계속 곁에 있겠다고 유리에게 말한다.

야마토와 타케루는 시바자키와 만나고 싶다고 정부에 협상하지만 이미 시바사키는 해임되었으며 대신 후임 대책 본부장의 모리오카(이시마루 켄지로)가 야마토의 앞에 나타난다. 모리오카는 시바사키를 다시는 만나면 안된다고 말했다. 그러나, 모리오카의 배후에서 시바자키가 나타나고 야마토는 시바자키를 만나고 싶어하는 사람이 안에 있다고 전한다. 시바자키 역시 안에 보고 싶은 사람이 있다고 말했다. 시바자키는 마쿠하라 안으로 들어가고, 야마토들은 유리의 곁으로 안내한다. 야마토는 유리의 목숨은 앞으로 하루라고 시바자키에게 고한다. 

한편 모리는 운석 구멍으로 본 적이 없는 금속 조각을 찾아낸다.

시바사키와 재회한 유리는 시바자키를 죽이려고 한다. 시바자키는 유리의 아버지였다. 마쿠하라로부터 탈출에 실패한 어머니를 모른 체한 것을 유리는 용서할 수 없다. 야마토들은 마지막으로 유리를 웃기려고 계획을 세운다. 모두 울고 웃은 뒤 마지막에 유리는 혼자있고 싶다고 야마토들에게 부탁한다.

전 대책본부장의 시바사키(하쿠류)가 마쿠하라 마을에 온지 2일이 지났다. 그가 사망하지 않는 것을 수상히 생각한 후임 모리오카(이시마루 켄지로)는 조사를 위해서 시바자키를 데려간다.

조사 결과, 시바자키의 체내 T마쿠하라 바이러스는 이미 사멸하고 있었다. 단 하루만 사멸 방법의 발견이 빨랐다면 유리(호쇼 마이)는 죽지 않았다……. T마쿠하라 바이러스는 추위에 약한 미생물로 판명, 모리오카는 정부가 미생물을 사멸시킨 것으로 하겠다고 제안한다.

모리오카는 야마토(도모토 코이치)를 불러내 체내를 조사하지만, 역시 미생물은 사멸했다. 증거를 만들기 위해 야마토들은 정부의 가공의 근절 조치를 받는다. 정부는 마쿠하라 지구의 이 사건은 "사실은 지진이 일어난 것이 아니라 미생물이 발생해 유행과 혼란을 막기 위해 굳이 공개를 하지 않았다"라고 세간에 발표, 찬양받는다.

드디어 야마토들은 내일 마쿠하라 밖으로 나가게 된다. 갑작스런 사태 진행으로 수상히 생각한 야마토와 타케루(도모토 쯔요시)는 정부에 넘겨준 꽃이 관계 있다고 생각했다. 밖으로 나온 야마토들은 도서관과 식물원에서 꽃을 조사하고 그 꽃이 사람이 살 수 없는 추운 곳 밖에 피지 않는 "쿠라키바"라는 세상에서 드문 꽃인 것을 알게 된다. 정부는 그 꽃을 보고 배급을 중단한 것이다. 세상은 정부의 대응을 찬양하고 진실은 보도되지 않는다.

야마토와 타케루는 시바자키를 찾고 잡지 기자 미카미(나가사와 토시야)를 만난다. 시바자키가 병원에 입원하고 있다고 미카미에게 들은 두 사람은 병원에 침입해 시바자키를 만나고, 마쿠하라의 사건은 정부의 인위적 실수라는 것을 알게 된다. "쿠라키바"는 미생물을 만든 것이 정부라는 증거였다. 야마토와 타케루는 정부가 증거를 인멸하려고 하고 있음을 깨닫는다. 타케루는 그런 정부와 대결하자고 야마토에게 상담하지만 야마토는 마쿠하라에서 일어난 일은 잊자고 한다.

그리고 마쿠하라에 격리된 아이들은 저마다 앞으로 살아갈 장소로 향하게 된다. 류(도쿠야마 히데노리)는 친척이 없는 아키라(아이바 마사키)들과 함께 공장에서 일하게 되고, 키이치(코하라 유키)는 노부부에게 입양되는 것이 정해지고 모리(마츠모토 준)는 누나에게. 그러나 모리는 유리에게 맡겨진 어떤 약속을 지키지 않아도 괜찮은 것인지 고민한다.

그리고 마쿠하라에서 아이들이 모두 풀려난다…….

사람이 없게 된 마쿠하라에 홀로 남은 야마토(도모토 코이치).

미생물을 만든 것이 정부라는 증거의 꽃 "쿠라키바"를 하루라도 빨리 처분하고 싶어하는 정부. 증거 인멸이 되지 않도록 야마토는 혼자 싸우는 결의를 한다.

마쿠하라를 나온 타케루(도모토 쯔요시)는 사망했다고 생각한 누나와 재회한다. 타케루의 누나는 우연히 도쿄의 친구 집에 놀러가 무사했던 것이었다.

타케루는 찾아간 음반사로부터 연락을 받고 일단은 거절당한 레이지의 곡이 마쿠하라와 연결되어 있다는 것으로 레코드 회사가 솔깃하게 됐다는 것을 듣는다. 모리(마츠모토 준)는 유리(호쇼 마이)에게서 받은 인공 위성 조각을 가지고 타케루가 있는 곳으로 향한다. 조각을 TV방송국에 가지고 갔지만 믿어주지 않고 흥미가 있는 것은 마쿠하라 안에서 있었던 이야기 뿐. 모리는 마쿠하라에 돌아가겠다고 타케루에게 말하지만 타케루는 유리의 일도 전부 잊으라고 한다.

그때 각각의 장소로 떠난 동료들도 마쿠하라를 생각했다.

혼자서 마쿠하라에 남은 야마토는 마침내 자위대원에게 발견된다. 정부가 사실을 말하지 않는 한 야마토는 마쿠하라를 나가지 않겠다고 선언. 마쿠하라 지구에 있던 아이들이 속속 야마토가 있는 곳으로 돌아온다.

대화할 여지가 없다는 대책 본부장의 모리오카(이시마루 켄지로)에게 야마토들 전원이 싸울 선언을 한다.

정부에의 항복 제한시간은 성탄절 오전 0시. 야마토들이 마쿠하라에서 떠나지 않는다면 강행 돌파를 할 수 밖에 없다고 선언. 언론에 운석 구멍을 보여주겠다고 공표한 다음날 아침까지 꽃을 지켜야만 정부는 사실을 말할 수밖에 없다고 야마토들은 생각한다.

그리고 타케루도 마쿠하라에 돌아왔다.

게이트 밖에는 삼엄한 장갑차와 자위대원이 많이 있다.

야마토와 타케루들은 어른들의 잘못을 인정받기 위해 정부에 맞서 마지막 용기를 짜낸다. 그리고 오전 0시.야마토들의 싸움이 시작된다...

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