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정부의 R&D 예산 삭감과 우주항공청 개청 방향에 대해 비판적인 목소리를 냈던 전국과학기술노동조합 한국항공우주연구원지부(이하, 항우연노조) 관계자들 또한 무려 7개월 동안 감사를 받았다. 

과기부 감사관실에서 진행한 특정감사 결과는 노조 전현직 간부들에 대한 중징계 및 징계였다. 노조에 따르면 과기부는 항우연에 신명호 전 항우연노조 지부장 등 2명에 대해 중징계, 전 노조 사무국장 등 3명에게 징계를 요구했다. 그리고 신 전 지부장 등 3명에 지급된 연구수당 환수 등을 요구했다.